長谷川平蔵（中村吉右衛門）は、おまさ（梶芽衣子）と共に、伊三次（三浦浩一）のこぐ船で市中を見回っていた。山谷堀に入ったところで、伊三次は江口の音吉（谷原章介）を見つける。音吉は、遠州の大盗賊・羽佐間の文蔵（吉澤健）の手下だった男。今後、文蔵と音吉が江戸で盗みを働くことに備え、おまさは音吉をつけることに。

おまさをはじめとした密偵たちの尾行により、文蔵と音吉の狙いが「丹波屋」という旅籠（はたご）であることが判明する。「丹波屋」の主人は源兵衛（平泉成）、おかみはお吉（若村麻由美）。音吉の見張りを続けていたおまさは、お吉を見て険しい表情になる。音吉が「丹波屋」に入る前に、船宿であいびきしていた相手がお吉だったからだ。

お吉は、五年前に自身の生活のため、そして病弱だった弟・庄次（渡辺大）のため、品川の遊郭で働いていた。そこで音吉と出会い、彼が寝ている間に、つい出来心から五十両を盗んでしまった。その後、源兵衛と出会い、おかみとして働くことで小さな幸せをつかみかけたが、そこに客として五年ぶりに音吉が現れたのだ。音吉に脅されるものと思い込み、彼に言われるがままに体を任せてしまったお吉。しかし、「丹波屋」に来た音吉の狙いは盗みに入るための下調べだった。

一方そのころ、酒井祐助（勝野洋）ら、火付盗賊改方が、妖気の漂う殺気をまとった謎の剣豪・石動虎太郎（いするぎ・とらたろう/尾上菊之助）に次々に襲われる事件が発生していた。その事件は、平蔵の上司にあたる京極備前守（橋爪功）をも巻き込むほどの大きな影となり、平蔵らを襲うことに･･･。

夜道を、長谷川平蔵（中村吉右衛門）と木村忠吾（尾美としのり）が歩いていると、覆面をつけた刺客・石動虎太郎（いするぎ・とらたろう/尾上菊之助）が現れる。急襲に、剣の使い手である平蔵も追い詰められるが、間一髪のところで、一撃を浴びせ追い払う。以前にも、平蔵の部下である酒井祐助（勝野洋）らが刺客に次々と襲われ、小柳安五郎（谷口高史）に至っては命を落としていた。刺客と相対した平蔵は、刺客の構えが若いころに牛久で手合わせをした剣豪の構え「雲竜剣」と似ていることを思い出す。

平蔵が襲われた翌日、平蔵宅の門番が刺客に斬られ命を落とす。刺客の大胆な犯行に、苦渋の表情を浮かべる平蔵。さらに数日後、平蔵らの動揺に乗じるように、牛込の薬種屋「長崎屋」に凶賊が押し入り、16名が惨殺される事件が起こる。自分たちのことにかまけて、見回りが手薄になっていたことを悔やむ平蔵は、上司の京極備前守（橋爪功）に、見回りの増員を頼み、犯人を捕まえることに執念を燃やす。密偵のおまさ（梶芽衣子）や五郎蔵（綿引勝彦）の働きで、牛久に行き場のない年寄りや貧しい人々が無料で泊まる「報謝宿」があり、それを元武家で医師の堀本伯道（田中泯）が営んでいることが分かる。伯道は「雲竜剣」の使い手で、盗賊でありながら、本気で人助けをしているとのこと。

その後、平蔵は謎の刺客・石動虎太郎をおびき寄せるため、あえて一人で市内を見回る。夜道で虎太郎と出会う平蔵。一触即発の状況下に、伯道が姿を現す。共に、「雲竜剣」の使い手である伯道と虎太郎は実の親子であった。若いころに、手合わせをしていた平蔵と伯道、そして父・伯道との間に深い葛藤があり、悪に手を染めることとなった虎太郎が一堂に会し、物語は衝撃的な結末を迎える。

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