コナンと歩美、光彦、元太、哀、阿笠博士はたくさんの花見客たちで賑わう神社にやってくる。阿笠は花見の場所を取りに行き、コナンたちはおみくじを引きに行く。そして、くじを引いたコナンたちは杖をつく花見客の坂巻重守（さかまきしげもり）に声をかけられる。坂巻は良いくじを引いた時は結ばずに持ち帰った方が良いと教える。この後、コナンたちは花見に来たFBI捜査官のジョディと偶然会う。

コナンはジョディを皆から離れた場所に連れて行き、ベルツリー急行の時に見た赤井秀一は黒ずくめの組織のバーボン（安室透）の変装だったと教える。ジョディが落ち込んでいると、そこにマスクをした弁崎桐平（べんざきとうへい）がやってくる。弁崎は銀行強盗の時、ジョディと一緒に人質になった１人だという。弁崎はあの時、隣にいた男性（赤井）は彼氏かとジョディに訊ねる。弁崎は２、３日前に赤井を見かけたらしく、ジョディはどこで見かけたのかを聞き出そうとする。

その直後、周辺に「スリがいる」という声が響き渡り、雑踏から花見客の矢谷郁代（やたにいくよ）が走り出してくる。ジョディは倒れた矢谷を助け起こす。矢谷は自分のカバンに手を入れている人に気付いて慌てて逃げてきたという。この後もジョディは赤井がどこにいたのか、弁崎から聞き出そうとする。だが、弁崎が風邪で朦朧として記憶が定かではないと答える。コナンはベルツリー急行の時にバーボンが赤井の死を確信したにもかかわらず、また赤井に成りすましている事を不思議に思う。

その頃、元太、光彦、歩美は本殿で参拝していた。その時、花見客の段野頼子（だんのよりこ）は鈴の鳴らし方を元太たちに教える。鈴は神様に自分が来た事を知らせるためにいっぱい鳴らした方が良いという。この後、コナンの携帯に阿笠から電話がかかってくる。阿笠は殺人事件を目撃してしまったと助けを求め、コナンは野次馬でごった返すトイレ裏の現場へと向かう。現場は木陰だったため、阿笠が見たのは犯人のシルエットのみ。犯人は30センチくらいの棒で被害者を何度も殴っていたという。

コナンが現場に駆けつけると、そこでは頭を殴打された矢谷が絶命していた。矢谷の手元には黒く塗られた３枚の５円玉が転がっていて、コナンはスリ師の黒兵衛の５円玉と気付く。スリ師として有名な黒兵衛はお金をスった相手の懐に黒い５円玉を３枚忍ばせる事で知られていた。ジョディは黒兵衛が犯人と考えるが、矢谷の財布には黒い５円玉がビッシリ入っていて、コナンは矢谷が黒兵衛本人だと確信。財布には輪ゴムで留めた札束が入っていて、札束を解くと中にはGPS発信機が隠されていた。この状況から、コナンは矢谷に札束をスラれた被害者が矢谷を殺害したと推理する。

現場に駆け付けた目暮警部は目撃者の阿笠から話を聞く。阿笠は犯人が帽子をかぶり、30センチくらいの細い棒を持っていたと証言する。犯人は立ち去る時、少し足を引きずっていたという。目暮と高木刑事はこれだけの情報で大勢の花見客の中から犯人を見つけ出すのは難しいと考える。一度も捕まった事がなく、誰にも顔がバレていなった黒兵衛。ジョディは犯人が発信機入りの財布をワザと黒兵衛（矢谷）にスラせ、本人を特定したと考える。そして犯人は人気のない場所に行った矢谷を撲殺したのだ。

コナンは矢谷を助け起こしたジョディも財布をスラれたと考える。コナンの予想通り、ジョディも財布をスラれていた。そしてコナンに指示された光彦たちは神社のゴミ箱に捨てられた財布を発見。結局、ゴミ箱からは矢谷が捨てたと思われる青いモノ、黒いモノ、布製のモノ、赤いモノ、４つの財布が見つかる。青い財布はジョディのもので、目暮はジョディも容疑者の１人と判断するが、元太たちはジョディとずっと一緒にいたと無罪を主張。容疑者は残りの３つの財布の持ち主に絞り込まれる。

この後、入っていた免許証から黒い財布は弁崎のものと判明。布製の財布にはプリクラが貼られていて、それを見た歩美は段野が持ち主だと訴える。赤い財布には小吉のくじが入っていて、光彦はこの財布を坂巻が持っていたと証言する。現場に黒い５円玉が３枚落ちていたため、コナンはこの黒い５円玉を持っていない人が犯人と推理する。目暮たちは弁崎、段野、坂巻の３人を見つけ出して話を聞く事に。目暮は黒い５円玉を持っているかを３人に確認。だが、予想に反して３人とも黒い５円玉を持っていた。

３人は自分がスリに遭った事に気付いていなかった。目暮は事情を説明し、３人が矢谷殺害の容疑者になっていると伝え、所持品と携帯を調べる。警官が３人の持ち物を調べている間、阿笠は３人の中に犯人っぽい人がいないかを確かめる。だが、これといった決め手を見つける事はできない。そして３人のボディチェックが終了。結局、凶器の棒は誰も持っておらず、坂巻が持っている杖も凶器として使われた痕跡はなし。３人の携帯には発信機を追跡するアプリも入っていなかった。

この後、境内を調べていた刑事の１人が犯人の物と思われる帽子とコートを発見する。コートには返り血が付着していた。コートと帽子は花びらで覆うように隠してあったらしく、目暮は凶器も探し出せと高木刑事と千葉刑事に命じる。コナンは歩美と哀の何気ない会話から犯人の凶器が何なのかに気付く。そして事件の真相に辿り着いたコナンは変声機を使い、阿笠として事件を解明する。コナンは凶器のトリックを暴き、徐々に犯人を追い込んでいく。犯人はまだ凶器の一部を隠し持っていた…。

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