慶長５（１６００）年、作州吉野郷宮本村の若者・新免武蔵（しんめんたけぞう/木村拓哉）は立身出世の野望を抱き、足軽として関ヶ原の戦いに参戦した。幼なじみの本位田又八（ほんいでんまたはち/ユースケ・サンタマリア）と共に西軍に組したが、およそ１８万人が入り乱れる戦場で、誰が敵で味方なのかもわからない。そんな混乱の場で、武蔵は東軍の中のひとりの男の戦いぶりに目を奪われる。流水のごとく美しい剣さばきを見せるその男こそ、終生の好敵手となる若き日の佐々木小次郎（沢村一樹）だった…。

西軍は惨敗したものの関ヶ原の戦いを生き抜いた武蔵は、又八の無事を彼の母・お杉（倍賞美津子）に知らせるため、関所を破って故郷・宮本村に帰還する。又八はお通（真木よう子）という許嫁がいながらも、逃走中に出会った妖艶な女・お甲（高岡早紀）に惑わされ、お甲と彼女の娘・朱実（夏帆）と共に姿をくらましたのだ。

追手に出くわした武蔵は、たまたまそばを通りかかった女をとっさに盾に取る。その女こそが、又八の許嫁・お通だった。結局、武蔵は、お通が身を寄せる山寺の僧侶・沢庵(香川照之)の一計によって、捕らわれの身となってしまう。

沢庵は有無を言わさず、千年杉と呼ばれる巨木に武蔵を吊るし上げる。それは荒くれ者への罰ではなく、“無謀な生き方を改めよ”と諭す沢庵なりの説教だったが、血気盛んな武蔵に深い教えなど読み取れるものではない。

「連れて行ってくれるなら、あなたを助けます！」。武蔵を千年杉から解き放ったのは、ほかならぬお通だった。又八が女と逃げたとあっては、身寄りのないお通にとってこの村にはもう居場所がなかったのだ。山に逃げ込んだ２人は、互いにほのかな思いを抱きあう。だが、川に落ちたお通が高熱に倒れ、武蔵は彼女の命を救うため沢庵に助けを求め、姫路城内の牢に投獄される。

４年後、幽閉を解かれた武蔵は、城主・池田輝政（笹野高史）と沢庵より、“宮本武蔵”という新たな名を授かり、剣の修行の旅に出ることを決意する。剣の道で名を成し、いつの日か一国一城の主になる野望を胸に秘めて…。

その第一歩として武蔵は、名門と名高い“吉岡道場”の門を叩く。しかし、吉岡流の奥義を継ぐ２代目の清十郎（松田翔太）は、名門の名にあぐらをかいて放蕩の限りを尽くしており、留守だった。門弟たちは、名も知れぬ道場破りの武蔵を軽くあしらおうと剣を取った。ところが、荒削りながらも剛剣をふるう武蔵に門人たちは一蹴されてしまう。

その頃、清十郎は祇園の遊郭を訪れていた。その遊郭は又八と共に姿を消したお甲が開いたもので、又八は彼女の稼ぎを頼りに京の片隅で堕落した生活を送っていたのだった…。

その後、清十郎と1カ月後に試合をすることになった、武蔵。腕を磨くため、槍術で名を馳せる奈良の興福寺宝蔵院を訪ね、高弟・阿厳（宇梶剛士）との試合に挑むのだが…。

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