舞台は江戸。老中・田沼意次の屋敷には、出世や利権を狙う人々が絶え間なく訪れていた。賄賂の横行する、世にいう田沼時代である。ところが天明四年（1784）三月、江戸城内で、意次の嫡男で若年寄の田沼意知が、旗本・佐野善左衛門に斬りつけられ、数日後息を引き取る。田沼時代の終焉を告げる事件だった。
この頃、日本は天変地異に見舞われる。政権への不満が沸点に達した頃、暴徒と化した町民は米問屋の打ち壊しを起こす。騒動を聞きつけた北町奉行所同心・秋草新十郎(松岡昌宏)が刀を構えると、珊次郎（十文字小弥太の表の名）(高橋克典)が現れ、町民をかばう。遊び人風だが腕は確かな男だ。さらに内藤勘解由の助けも入り人々は無事逃げ延びるが、なお斬り結ぶ小弥太と秋草。そして通りのはずれから様子を伺う「謎の三人」、田沼早苗(波瑠)、平賀源内(小林稔侍)、春朗(永井大)…。秋草と腕が互角と踏んだ小弥太は勝負をやめるが、捕り方に縄をかけられてしまう。
小弥太の腕を見抜いた勘解由は牢屋にやってきて、自分の下で江戸の治安を守るために働いて欲しいと話し出す。これは老中首座に就く白河候松平定信(加藤雅也)のご下命だった。お役目は口外無用、江戸の人々を守るために普段は市井の者として暮らし、事あるときに命を捨てて戦う…そんな勘解由の申し出を、小弥太は引き受ける事にする。同様にご下命を受けた芸者の稲妻お竜（藤原紀香）、魚屋の不知火お吉(夏菜)、蘭学医の榊原長庵(柄本時生)、浪人・井坂十蔵（村上弘明）には≪隠密同心≫という名が与えられ、江戸を守るために動き出す。後に隠密同心に加わる北町奉行所同心の秋草新十郎(松岡昌宏)と対立するなか、中州、吉原と次々に騒動が起こるが、その裏には、老中・松平定信と将軍の父・一橋治済（西村雅彦）の権力争いがあった。虐げられる江戸の庶民たちの平安のため、小弥太たち隠密同心が、立ち上がる。

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