物語の軸となるのは、「TOKYO MER」という救命救急のプロフェッショナルチーム。“MER”とは、モバイル・エマージェンシー・ルームの略称で、彼らの使命は最新の医療機器とオペ室を搭載した大型車両（ERカー）で、危険極まりない現場に駆けつけ、負傷者にいち早く救命処置を施すこと。連続ドラマ終了時から半年後を舞台にした今回のスペシャルドラマでは、東京・隅田川で船同士の衝突事故と屋形船の暴走が発生。鈴木亮平演じるチーフドクター・喜多見率いるMERのメンバーたちが、東京消防庁の即応対処部隊とともに決死の救命作業に挑む姿を描いていく。優秀なスタッフが揃うMERに現れた初の“ポンコツ医師”を、伊藤淳史が演じる点も見どころだ。果たして、MERは暴走する屋形船からすべての患者を救出できるのか？どうぞお楽しみに！

【あらすじ】

「TOKYO MER」の正式認可から半年。全国の政令指定都市にMERを展開するため、チームを去ることになった音羽（賀来賢人）の代わりとなるセカンドドクター問題に喜多見（鈴木亮平）は頭を悩ませていた。チーム内では比奈（中条あやみ）の昇格を望む声も上がるが、音羽は比奈に循環器外科の道に進むべきだと断言。比奈も音羽の代わりになれるのかとプレッシャーを感じ、悩んでいた。そんな折、サポートドクターとして青戸（伊藤淳史）がMERにやってくる。青戸は音羽と同じく厚生労働省の医系技官で、表向きはセカンドドクター候補としての派遣だが、そこには厚労省側のある思惑が･･･。

そんな矢先、隅田川で大型水上バスと屋形船の衝突事故が発生。多数の負傷者を乗せたまま、コントロールを失った屋形船は暴走。現場に急行したMERのメンバーたちだが、接舷できないため乗り込むことさえできない。さらに船底内部での燃料漏れにより、多くの患者を乗せたまま爆発する可能性が発覚！喜多見たちは取り残された人々の救助のため、予想外の作戦に出る。それはまさに、決死の挑戦だった･･･。

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